在常規材料配置方面，骨架作為薄型屋頂通風器的支撐結構，通常采用熱鍍鋅鋼板、鋁合金板或不銹鋼板。防雨板則根據采光需求選擇，采光型通風器常采用FRP采光板，既能有效防風擋雨，又能提高室內采光效率；非采光型通風器則可選用本色或彩涂鍍層鋼板、鋁合金板、不銹鋼板或防腐板，以滿足不同的使用需求。

外護板作為薄型屋頂自然通風器的外部保護層，同樣需要考慮到防腐性和耐用性。本色或彩涂鍍層鋼板、鋁合金板、不銹鋼板和防腐板都是常見的選擇，能夠有效抵御風雨侵蝕，保護屋頂自然通風器內部免受損害。

在材料選擇原則上，需要根據氣候條件進行考量。在風荷載較大的地區，可以適當增厚型材厚度，以提高薄型屋面通風器的抗風能力。在雪荷載較大的地區，可以選配防雪網，防止積雪壓垮通風器。在沿海或酸雨較多的地區，需要加強型材的防腐性能，確保通風器能夠長時間穩定運行。

在滿足項目需求的前提下，還需要結合預算選擇材料品牌和材質。不同的材料配置會對通風器的價格產生較大影響，因此需要在性能和價格之間找到平衡點。